馬來西亞檢驗檢疫局成立于2011年，隸屬于農業和農產品產業部，作為其下屬的一個司負責所有入境口岸（包括海港、機場、陸地口岸以及郵件和快遞收發中心）、檢疫站、建議設施的檢驗檢疫工作以及頒發有關植物、動物、冷凍肉制品、魚類、農產品、土壤和微生物等產品的進出口許可證。為防止動物傳染病、寄生蟲病和植物危險性病、蟲、雜草以及其他有害生物傳入，馬來西亞政府對進口動植物實施檢驗檢疫。如攜帶動植物入境，需事先向馬來西亞相關主管部門申請進口許可證并在入境時遵守各項檢驗檢疫程序。
馬來西亞要求所有肉類、加工肉制品、禽肉、蛋和蛋制品必須來自經農業部獸醫服務局檢驗和批準的工廠，所有進口產品必須獲得獸醫服務局頒發的進口許可證。所有向穆斯林供應的肉類、加工肉制品、禽肉、蛋和蛋制品必須通過清真認證，牛、羊、家禽的屠宰場以及肉蛋加工設備必須獲得伊斯蘭發展署（JAKIM）的檢驗和批準。
海關管理規章制度
【管理機構】馬來西亞皇家海關是管理商品的進出口、邊境控制以及貿易便利化的政府部門。
【管理制度】馬來西亞關稅有兩種歸類系統：一種用于東盟內部貿易，稅則號為 6 位數字；另一種用于與其他國家貿易。國際貿易及工業部下屬關稅特別顧問委員會負責對關稅進行評審，每年在政府預算中公布。
【關稅水平】馬來西亞 99.3%的關稅是從價稅，0.7%是從量稅、混合稅和選擇關稅。世界貿易組織公布數據顯示，2016 年，馬來西亞最惠國關稅簡單平均關稅稅率約為 5.8%，農產品最惠國平均簡單關稅稅率為 8.4%，非農產品該稅率為 5.4%。
【金融管制】無論是馬來西亞居民還是非居民，每次出入馬來西亞所攜帶外幣或旅行支票數額不受限制，但如超過 10000 美元，則需向海關申報；非居民攜帶外幣或旅行支票出境，如數額在入境時申報的數額內，不受限制；如需攜帶超過數額限制的現金或旅行支票出境，需事先向馬來西亞國家銀行取得書面許可。
【海關艙單】近期，馬來西亞海關對關于海關艙單的規定做出了修改，規定自 2018 年 10 月 1 日起所有從馬來西亞進出口及中轉的貨物，客戶必須提供樣單中貨物描述部分正確的６位貨物 HS 編碼。缺失 HS CODE 或信息有誤，將會影響貨物在馬來西亞清關放行，并可能造成海關罰款或其他責任后果。
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